2000年开始的新系列。以《神奇蜘蛛侠》为蓝本，重新开始蜘蛛侠的故事。人物设计也与原版不同，更满足21世纪的风格。已连载至160期，大事件 “蜘蛛侠之死”已结束。在160期中绿恶魔与Peter Parker互击而死。此后开始新系列《终极漫画 全新蜘蛛侠》，主角换为一个拉丁混血的少年。在这部动画里，蜘蛛侠加入了“神盾”，结识了新伙伴：白虎、新星、神力侠、铁拳，还拥有了自己的盔甲（类似钢铁侠，是史塔克公司给他做的。穿上盔甲时，他被称之为“钢铁蜘蛛侠”）。还有章鱼博士、毒液、绿魔等坏人与他作对。绿魔拥有他的DNA，或者说，绿魔可以算是他创造出来的。

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